Завдаючи масованих бомбових ударів, нацистські війська 25 серпня 1941 року зруйнували Чернігівську міську електростанцію, яка в період окупації міста так і не відновлювалась. Були спалені інші локальні генерації підприємств міста. Місто залишилось без електричної енергії і водопостачання. Також була зруйнована і Новгород-Сіверська електростанція. У ніч на 13 вересня 1941 року, перед заходом агресорів у місто, була підірвана Ніжинська електростанція.  Враховуючи можливість загрози окупації міста Прилуки, всі двигуни електростанції були демонтовані та підготовлені для евакуації, але їх не встигли вивезти. Все обладнання було пошкоджене. В період окупації Чернігівщини електростанції не працювали і через те, що більшість енергетиків зі зброєю в руках стали на захист своєї Батьківщини.

Відновлення енергетичних потужностей та електромереж, яке було суттєвим внеском в загальну справу по відродженню народного господарства, почалося зі звільненням території Чернігівщини. Після звільнення Ніжина 15 вересня 1943 року в приміщенні гаражу тимчасово було змонтовано нафтовий двигун 50 кінських сил, який в основному забезпечував електроенергією водонасосну станцію та власні майстерні, де вже велися роботи по відновленню дизеля 300 кінських сил на базі 2-х підірваних дизелів Ніжинської та Прилуцької електростанцій. Одночасно будівельники БМУ-6, використовуючи працю жінок та людей поважного віку у дві зміни, зводили нові стіни машинного залу, використавши лише фундамент старої будівлі. Монтаж дизель-генератора був завершений 6 листопада 1945 року.

  21 вересня 1943 року Чернігів був звільнений від нацистів і відразу розпочалися роботи по відбудові електростанції. Вже 25 вересня 1943 року на роботу по відновленню електростанції та ліній електропередач було прийнято 49 чоловік. З самого початку відновлювальних робіт на електростанції була проведена інвентаризація уцілілого обладнання, визначені їх стан та можливість подальшого використання, складений перелік вузлів та запасних частин, необхідних для відновлювальних робіт. Для тимчасового освітлення найбільш важливих об’єктів міста в жовтні 1943 року на електростанції встановили двигун внутрішнього згорання потужністю 50 кінських сил  з генератором 35 кВт. Так звільнений Чернігів отримав першу повоєнну електроенергію.